Сам Франциск Ассизский не предполагал существование своего ордена иначе, как в единстве с Апостольским престолом. Послушание римскому епископу для него было само собой разумеющимся, более того, он неоднократно подвергал осуждению тех проповедников Святой Бедности, кто разрывал с Римской католической церковью и начинал собственные религиозные движения.

В первые годы Реформации именно францисканцы в Германии выступали противниками лютеран и кальвинистов. Точно также в Англии францисканцы решительно осуждали сепаратистские настроения Генриха VIII . Во многом из-за монашеского скепсиса в отношении автокефалии церкви Англии первые годы существования церкви были ознаменованы гонениями на монашество. К середине 16 века все монастыри были закрыты, а их имущество перешло к государству.

Тем не менее монашеский пример оказался настолько привлекательным, что все больше людей в протестантских европейских и американских церквях получали от Бога призвание к жизни в бедности, целомудрии и послушании.